Etelä-Pohjanmaan ELY-keskus vastasi valtakunnallisesti valtion vesistörakenteiden hoidosta, jonka määräraha vuonna 2018 oli 4,7 miljoonaa euroa. Pohjalaismaakuntien tekojärvien ja muiden valtion vastuulla olevien vesistörakenteiden ylläpitoon ja kunnostamiseen tästä määrärahasta käytettiin noin 2,1 miljoonaa euroa. Uutena rakenteena valmistui Isojoella Villamon alueen kunnostus, jonka kustannuksiin osallistuivat valtion lisäksi EU (Freshabit-Life) ja paikalliset toimijat.
Vesitalouden määrärahalla edistettiin mm. Tuovilan- ja Sulvanjoen ja Kainastonjoen alaosan tulvasuojeluhankkeita sekä Kurikan syväpohjavesihankkeen selvityksiä. Lisäksi hoidettiin valtion vesilupiin liittyviä velvoitteita mm. istuttamalla Perhonjokeen 10 miljoonaa nahkiaistoukkaa ja Lappajärveen 180 000 siianpoikasta. Vesien- ja merenhoitoa edistettiin avustamalla mm. haja-asutuksen jätevesineuvontaa ja rehevöityneiden järvien ja lahtien kunnostamista mm. Perhossa, Kokkolassa, Evijärvellä, Ähtärissä ja Kristiinankaupungissa.
